In der Onkologie betreut ein interdisziplinäres Team Patientinnen und Patienten mit unterschiedlichen Krebserkrankungen. Die onkologischen Therapien werden wenn möglich ambulant, aber auch stationär durchgeführt.
Das Therapieangebot mit Hormon-, Antikörper- und Chemotherapien in Tabletten- oder intravenöser Form ist breit. Am Kantonsspital Glarus werden auch Patientinnen und Patienten mit seltenen Krebserkrankungen behandelt.

Für Hochdosis-Chemotherapien mit Stammzelltransplantation besteht eine langjährige Zusammenarbeit mit dem Universitätsspital Zürich. Für andere Therapien findet eine Zusammenarbeit mit dem Kantonsspital Graubünden, dem Kantonsspital St. Gallen und dem Universitätsspital Zürich statt.
Das Therapieangebot der Onkologie wird mit Physiotherapie, psychiatrischer und psychologischer Beratung und Behandlung, alternativen Heilverfahren (u.a. Musiktherapie, Chinesische Medizin TCM, Fussreflexzonenmassage, Akkupunktmassage), Stoma- Beratung und mit der Krebsliga Glarus koordiniert.